В 1991 году Крутицкое подворье было передано Русской Православной Церкви, и здесь разместилось Всецерковное православное молодёжное движение (ВПМД). Возрождение духовной жизни Крутицкого Подворья началось с открытия храма Воскресения словущего на Крутицах. Накануне празднования Святой Пасхи – 23 апреля 1992 года – в храме было совершено первое после перерыва в несколько веков богослужение. Начались интенсивные восстановительные работы, и уже на следующую Пасху – 18 апреля 1993 года – первая служба была совершена в нижнем храме Петра и Павла.
По благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II подворью был придан статус Патриаршего. В этом проявилась особенная забота московской епархиальной власти о возрождении уникального памятника истории и культуры Москвы. Первым настоятелем подворья был назначен протоиерей Валентин Чаплин. После передачи Воскресенского храма Московской Патриархии здесь продолжались интенсивные реставрационные работы, начатые ещё Государственным Историческим музеем. Над крышей храма появилась изящная луковичная главка, увенчанная крестом.
В ходе работ по расчистке живописи в храме Петра и Павла, осуществлявшихся под руководством художника-реставратора В.Л. Лагутина, было удалено несколько слоев извести и масляной краски. Реставрация позволила восстановить роспись конца XIX столетия. На восточной стене в трапезной части художниками В.А. Мугрузиным и А.М. Золотаревым написаны фигуры двух ангелов, держащих Св.Чашу, а на западной стене, прямо над выходной дверью, – образ Покрова Пресвятой Богородицы. В арке около иконостаса этими же художниками написаны фигуры св. Архангелов Михаила и Гавриила.
Решением Архиерейского Собора 1997 года было постановлено превратить Крутицкое Подворье в образцовый молодёжный центр Русской Православной Церкви. Впоследствии на территории подворья стал работать Отдел по делам молодёжи Московской Патриархии.
Словами благодарности мы вспоминаем сегодня священнослужителей, чьими молитвами и трудами возрождалось Крутицкое подворье после его возвращения Русской Православной Церкви. Среди них: митрополит Астанайский и Казахстанский Александр, епископ Выборгский и Приозерский Игнатий, епископ Люберецкий Серафим, протоиерей Валентин Чаплин, протоиерей Сергий Шастин, священник Роман Зайцев.