Подворье в XVIII — начале XX века

В 1711 году, с упразднением патриаршества, крутицкие митрополиты были понижены в ранге до епископов, в результате Крутицы потеряли свое исключительное положение. Однако некоторые крутицкие епископы впоследствии получали более высокие назначения. Амвросий, епископ Сарский и Подонский (1761– 1764), в 1768 годцу был назначен архиепископом Московским, и ему было поручено возобновление трёх московских соборов: Успенского, Благовещенского и Архангельского. Архиепископ Амвросий погиб трагической смертью, растерзанный толпою 16 сентября 1771 года у ворот Донского монастыря при возмущении народа во время чумы, свирепствовавшей в Москве.

Во время Отечественной войны 1812 года Крутицы, как и значительная часть Москвы, сильно пострадали от пожара. Значительно пострадал верхний Успенский храм: выгорела крыша, иконостас был полностью уничтожен. В течение пяти лет храм оставался без покрытия и только в 1817 г. над ним была была устроена деревянная крыша. Храм Петра и Павла был осквернён неприятелем-французом так, что потребовалось  его новое освящение, совершённое 13 января 1813 года. Ещё через десять лет, 17 мая 1823 г. возобновили и освятили верхнюю Успенскую церковь.

В 1833 – 68 гг. проводилась дальнейшая частичная реставрация подворья. После посещения в 1839 году подворья императором Александром II вышло высочайшее повеление о «возобновлении» Воскресенской церкви.  В том же году Митрополит Московский Филарет (ныне – святитель Филарет Московский) отдал распоряжение о проведении всех необходимых действий для подготовки храма к великому освящению. В соответствии с этим реставрацию древней Воскресенской церкви предполагалось осуществить по проекту архитектора Е.Д.Тюрина. В 1840 г. с аналогичным проектом выступил архитектор Константин Тон (строитель Храма Христа Спасителя). В 1840 году храм был частично перестроен, однако работы не были завершены и продолжены только в 1899 году. Тогда же было осуществлено обновление Успенской церкви. На рубеже XIX и XX вв. вновь расписан нижний Петропавловский храм. И все же к началу XX столетия состояние памятников Подворья оставалось плачевным. 16 декабря 1903 г. Член Комиссии по осмотру и изучению памятников церковной старины г. Москвы и Московской епархии архитектор Н.Д. Струков писал о необходимости сохранения Воскресенского и Успенского храмов. Об этом же заявлял и священник Крутицкого подворья о. Феодор Воздвиженский. «В настоящее время, – писал о. Феодор Воздвиженский в 1904 г., – упраздненный храм Крутицких владык находится в убогом состоянии. Внутри в нём даже не обозначены места, где были престолы, штукатурка на стенах сбита, и на них нет ни иконы, ни какого-либо священного изображения. Снаружи наверху крыши креста на нём, конечно, не имеется, и лишь только алтарное полукружие на восточной стороне свидетельствует о том, что здесь некогда был храм Божий, в котором приносилась бескровная жертва, возносились тёплые молитвы за живых и мертвых в течение трёх веков».

В своей статье о Воскресенской церкви Н.Д. Струков с горечью и болью писал: «Скорбные чувства вызывает изложение истории сего храма. Чем вызвано запустение сего храма, и почему святители, лежащие под ним, лишены молитв за них на самом месте их вечного упокоения. Почему бы не восстановить снова сего храма, почему бы не привести в порядок и не украсить усыпальницы этих святителей, почему бы не дать желающим помолиться об упокоении душ этих святителей, столь долгое время остающихся без поминовения». В приложении к статье Н.Д. Струков предложил свой проект реставрации Воскресенской церкви. Однако, несмотря на тревогу церковной общественности, вплоть до революции 1917 г. положение исправить не удалось.