Княжеское село Крутицы стояло на очень важных для Москвы древних путях, ведущих в Коломну и Рязань. В те времена левый берег Москвы был крутым, обрывистым. Отсюда и название монастыря, основанного в XIII веке, — Крутицкий[1].
По одному из преданий в XIII веке князь Даниил Московский основал на этом месте храм, при котором около 1272 года была устроена мужская обитель. Мужской монастырь позже стал Московским подворьем епископов Сарских и Подонских, епархия которых находилась на территории Золотой Орды во время монгольского владычества[2].
По другой версии — основание Крутицкого монастыря связывается с именем греческого летописца Варлаама, приехавшего из Византии вслед за Сарскими епископами и обосновавшегося здесь, в Крутицком урочище. Не исключено, что Сарские епископы вместе с Варлаамом построили здесь церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы, вокруг которой и образовался монастырь[3].
В XIII веке значительная часть русского населения оказалось в ордынском плену. Для церковного окормления русских в Орде по инициативе Александра Невского в 1261 в столице Золотой Орды Сарай-Бату была учреждена Сарская (Сарайская) православная епархия, впоследствии Сарская и Подонская епархия.
В 1272, при сыне Александра Данииле, Сарская епархия основала своё подворье в подмосковных Крутицах, тогда же был освящен первый Петропавловский храм (1272—1356). Последующие правители — Иван II Красный и Дмитрий Донской — завещали крутицкому храму значительные вклады (в завещании Ивана II упомянуты всего три храма и первым — Крутицкий).
В XV веке с ослаблением Орды и сокращением русского населения Сарая — Сарская епархия также сокращалась.
В 1454 году епископ Вассиан перенёс свою кафедру в Крутицы, став первым в истории епископом Крутицким, Сарским и Подонским. Имена «Сара» и «Подон» были воспроизведены в именах окрестных речек (современный Саринский проезд). Первый каменный Успенский собор, позже перестроенный в митрополичьи палаты, был заложен в 1516 году.
В 1589 Крутицкие епископы были возведены в сан митрополитов (начиная с митрополита Геласия, умершего в 1602). В 1612, когда кремлёвские соборы были захвачены поляками, крутицкий Малый Успенский собор, бывший, фактически, главным храмом московского православия, также был разграблен оккупантами.